Nella primavera del 1947, un pastore giordano, mentre inseguiva una capra ribelle sulla parete rocciosa a occidente del Mar Morto, scopre l'apertura stretta di una grotta, e buttando dentro dei sassi ha l'impressione di aver colpito dei vasi di terra cotta. Da solo non osa entrare, ma torna un giorno dopo con un cugino e una volta entrati dalla stretta apertura,  trovano il pavimento pieno di cocci e in fondo alla grotta scoprono otto giare intatte e sigillate, tutte vuote, eccetto una, dalla quale estrassero tre rotoli. Per settimane nessuno sapeva cosa farsene, finchè uno zio porto i rotoli al mercante di antichità di Betleeme, che a sua volta li portò al superiore del convento siriaco di San Marco di gerusalemme che li acquistò. Intanto i beduini, avendo intuito la fonte di guadagno, frequentavano in segreto i luoghi rocciosi alla ricerca di altri rotoli, mentre gli antiquari vendevano a prezzi convenienti papiri e pugni di frammenti, senza  che le autorità compettenti siano a conoscenza ( a quel tempo la Palestina era ancora sotto il Mandato Britannico). Il primo studioso che venne al corrente e comprese la grande portata delle scoperte fu E.L. Sukenik, che nel 1947 ne acquisto alcuni per conto dell'Università Ebraica di Gerusalemme.  La ricerca e la vendita abusiva restò segreta e le condizioni politiche non erano favorevoli ad un incontro sereno e collaborativo tra gli studiosi. in seguito ad una comunicazione ufficiale, la notizia dei ritrovamenti clandestini esplose  nel mondo scientifico. con l'intervento di un ufficiale dell'ONU e di alcuni ufficiali della legione araba, alla fine del 1949 fu scoperta la grotta  dei riytrovamenti clandestini, (denominata Grotta 1 Q). Mentre gli archeologi scavavano nel sito di Qumran e più giù, da Betleeme verso il Mar Morto, dove scoprirono altre quattro grotte, esplose la notizia  che i beduini avevano trovato manoscritti in un'altra grotta di Qumran.  La psicosi dei manoscritti si è allargata e i vecchi delle tribù indicavano ai giovani i luoghi in cui cercare e così, nel 1952 in una grotta quasi innaccessibile furono scoperti migliaia di frammenti di manoscriti. La notizia della scoperta impressionò gli studiosi che formarono ecquipe internazionali e  scoprirono a loro volta altre due grotte. Nel 1955 gli scavi archeologici portarono alla luce altre quattro grotte, numerate da 7Q a 10Q. I beduini dimostrarono di possedere maggior intuito : nel 1956 scoprirono la grotta chiamata 11Q, anche essa di grande ricchezza.. Le grotte esplorate di Qumran sono 11.

Fu un lungo dibattito fra gli studiosi  per dentificare l'appartenenza dei manoscritti. Subito dopo la scoperta  dei manoscritti, E.L.Sukenik pensò agli esseni e di seguito, il proffessore di Sorbona Andrè Dupont- Sommer ha  compreso e sostenuto l'identificazione degli esseni con i qumraniani.